２００９年は、探偵小説の生みの親、エドガー・アラン・ポー生誕２００年、日本ミステリー界の巨匠松本清張生誕１００年という記念すべき年です。
この"ミステリー年"にふさわしく、「探偵Xからの挑戦状」は、現代の新しいメディア携帯小説とテレビドラマをクロスオーバーさせた、まさに新感覚のミステリー番組。

人気ミステリー作家による短編推理小説が、６日間にわたって順次、読者（＝視聴者）のもとにケータイ小説として配信されていきます。読者は、奇想天外なストーリーに引き込まれながら、7日目にテレビで問題編をおさらい。放送の最後には、まだケータイに配信されていない解決編のヒントもあります。読者は、その後1週間推理し、次回放送までに犯人像を推理し、NHKに投稿。問題編から1週間後、解決編の放送で、犯人とトリック、その動機が明かされる！
クロスメディアの時代、ケータイとTV、そして視聴者が一体となって楽しめる新感覚の番組です。

■二人のでこぼこ案内人
番組をナビゲートするのは、前回シリーズに引き続き、谷村美月演じるケータイ小説にはまっている女子高生と、今回ついに正体を明かした竹中直人演じる”探偵Ｘ”。（←少女から見れば“おじさん”）この２人の絶妙なトークで、番組は進行します。最終回には思わぬどんでん返しがあるかも！？